Emily Prentiss est la fille d'Elizabeth Prentiss, l'ambassadrice des États-Unis en Ukraine, en Italie et dans de nombreux pays du Moyen-Orient. De ce fait elle a beaucoup voyagé. Grâce aux nombreux voyages qu'elle a faits durant sa jeunesse, elle parle couramment arabe, italien, espagnol, français et russe.
Emily avoue à Rossi que, pendant un passage en Italie — où sa mère occupait un poste diplomatique, elle est tombée enceinte à l'âge de 15 ans. Avec l'aide de Matthew Benton, un ami (et contre l'avis de leur prêtre), elle s'est faite avorter.
Lors du quatrième épisode de la troisième saison, elle voulut adopter une des victimes du tueur ce qui n'a malheureusement pas pu se faire.
Elle décède officiellement et est enterrée lors du dix-huitième épisode de la sixième saison, après un combat contre Ian Doyle (dit « Valhalla »), un ex-membre de l'IRA qui avait juré de se venger d'elle. Mais la fin de l'épisode laisse entendre par de multiples détails qu'Emily aurait survécu et serait partie avec plusieurs passeports étrangers procurés par J.J. grâce à son poste.
Elle revient à la septième saison comme personnage régulier. Elle quitte néanmoins le BAU (Département des sciences du comportement) pour diriger le bureau d'Interpol à Londres (sous-entendu dans le vingt-quatrième épisode).
Elle revient dans le dix-neuvième épisode de la onzième saison, après avoir demandé de l'aide à ses amis et anciens collègues afin de traquer un tueur en série qu'elle a failli arrêter.
Elle revient en tant que personnage régulier dans la douzième saison.
Ses deux meilleures amies sont Jennifer Jareau « JJ » et Penelope Garcia.
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