Derek est le fils d'un père afro-américain et d'une mère blanche. Il a grandi dans un quartier pauvre de Chicago avec ses parents et ses deux sœurs Sarah et Desirée. Il est allé à l'université Northwestern après avoir obtenu une bourse de football, il est ceinture noire de judo, et prend en charge les cours d'autodéfense du FBI. Il a travaillé comme officier de police à Chicago avant de rejoindre le FBI.
À l'âge de neuf ans, Derek a vu son père, un officier de police, se faire tirer dessus durant une intervention. Après sa mort, Derek commence à fréquenter les membres d'un gang plus âgés que lui et commence dès lors à avoir de nombreux ennuis avec la police, ce qui lui a valu un dossier criminel pour mineurs. Il a été pris sous l'aile d'un coordinateur d'un centre de jeunesse local, Carl Buford. Il devient un père de substitution pour Derek, et l'aide à poursuivre ses études universitaires en l'entrainant au football pour qu'il décroche une bourse ; il use de ses relations pour faire sceller son casier judiciaire par un juge. Mais des années plus tard, Derek révèle que Carl abusait sexuellement de lui ainsi que d'autres jeunes du quartier. On apprend également qu'il a commis plusieurs homicides afin d'empêcher ses victimes de parler des viols.
Adolescent, il découvre le corps d'un jeune homme non identifié ce qui l'a profondément affecté. Derek organise alors une collecte de fonds dans son quartier pour pouvoir payer ses funérailles et lui offrir une pierre tombale. Il lui rend depuis visite au cimetière à chaque fois qu'il est de passage dans sa ville natale pour voir sa famille.
Des années plus tard, son passé revient le hanter lorsqu'il se fait arrêter par la police de Chicago pour son meurtre ainsi que celui de deux autres garçons. Le chef enquêteur (celui qui a arrêté de nombreuses fois Derek lorsqu'il était adolescent) pense qu'il est coupable, s'appuyant sur le profil d'un suspect anonyme fait par Jason Gideon et correspondant pour soutenir sa cause. Pensant que Derek a été encadré par le vrai meurtrier, son équipe du FBI fait plusieurs recherches sur son passé (ce que Garcia n'aime pas vraiment faire) pour prouver son innocence. Plus tard, ils découvrent que le suspect en question est Carl Buford et qu'il est ami avec le chef de la police de Chicago. Lorsque Hotch demande à Derek ce qui s'est passé avec Buford, Derek lui dit de ne pas insister. Plus tard, Derek confronte Carl au centre et ce dernier commence par nier tout ce qu'il s'est passé entre eux. Refusant de le laisser s'en tirer et regrettant de ne l'avoir dit à personne lorsqu'il était plus jeune, Derek le force à tout admettre. La police de Chicago arrive à ce moment et entend tout, puis l'embarque. Buford demande son aide à Derek qui lui rétorque « Allez en enfer ». Carl Buford se fera tuer six années plus tard en prison quand, à la suite d'une affaire impliquant l'une de ses anciennes victimes et l'intervention de Morgan auprès des journalistes, ses codétenus apprennent par les médias la véritable nature de ses crimes.
Sa cousine a disparu depuis plusieurs années et dans le vingt-troisième épisode de la sixième saison, Derek ment à sa tante en lui prétendant que sa cousine Cindi est morte et fait partie des victimes de l'affaire, afin qu'elle tourne la page. Dans la saison suivante, Derek devra faire face à son mensonge quand sa cousine sera aperçue par hasard par l'une de ses sœurs, puis retrouvée.
Depuis le début de la neuvième saison, Morgan fréquente sa voisine, Savannah Hayes. Leur relation amoureuse demeure solide malgré l'extrême dévouement que tous deux portent à leurs jobs respectifs, Derek finissant même par rencontrer les parents de Savannah en milieu de saison.
Dans la onzième saison, après avoir été enlevé et torturé par des mercenaires, il se marie avec Savannah qui est enceinte. Suite à une vengeance envers Morgan où elle frôle à son tour la mort, Savannah et lui deviennent les parents d'un petit garçon, Hank Spencer Morgan.
Accueil 
